涉及國家安全或重大利益公務人員特殊查核辦法第三條、第五條修正重略略以如下：
一、為應刑法、國家機密保護法、國家安全法、臺灣地區與大陸地區人 民關係條例等修法及反滲透法立法，業將涉及危害國家安全之犯罪類型範圍擴大，非僅限於傳統之內亂罪、外患罪，而本辦法就涉及國家安全 或重大利益之公務人員辦理特殊查核，應就查核項目中涉及國安犯罪之範圍配合增列相關犯罪；對經查有查核項目任一情事之公務人員，宜進行財務資訊調查核實；任職已滿一定期間之公務人員，及涉及國家安全或重大利益之緊急或重大情事而有必要時，宜重行查核及辦理專案特殊查核，並應加強用人機關首長對於擬（現）任人員適任性之審核義務， 以完備特殊查核機制，使特殊查核發揮機先發掘擬（現）任公務人員存有國家安全風險徵候之制度功能。
二、修正本辦法第三條、第五條，其修正要點如下：
(一)增訂查核項目範圍及法務部調查局得經當事人同意蒐集財務資訊之規定，機關首長決定任用有查核項目任一情事人員者，應加註理由； 另增訂當事人不同意蒐集財務資訊及現職人員經查核認有危害國家安全或重大利益之虞者之處理。（修正條文第三條）
二、增訂定期辦理特殊查核及必要時得辦理專案特殊查核之規定。（修正條文第五條)